La UNNOBA concibe a la Auditoría Interna como una actividad independiente y objetiva de aseguramiento y consulta, creada para agregar valor y mejorar las operaciones de la organización ayudando a la misma a cumplir sus objetivos, aportando un enfoque sistemático y disciplinado para evaluar y mejorar la eficacia de los procesos de gestión de riesgos, control y gobierno.
Constituye un servicio a toda la organización orientado a analizar y comprobar el funcionamiento del Sistema de Control Interno y su grado de eficacia, eficiencia y efectividad y es un mecanismo de seguridad con el que cuenta la autoridad superior para estar informada, con razonable certeza, sobre la confiabilidad del diseño y funcionamiento de su sistema de control interno.
El Estatuto de la Universidad en su Artículo 122 establece que la Unidad de Auditoría Interna dependerá del Rector y tendrá funciones relacionadas con las auditorías internas de los distintos aspectos de la Universidad. Gozará de independencia de criterio, objetividad y desvinculación de las operaciones sujetas a examen, respondiendo a un programa de trabajo delineado para tal fin.